Los cazadores de variantes compiten para encontrar nuevas cepas donde las pruebas se retrasan

A mediados de febrero, tres los viajeros fueron detenidos en el aeropuerto de Luanda, Angola. Incluso durante la pandemia, el país, un centro para la industria petrolera, había visto muchos pasajeros de Europa y Sudáfrica, donde prevalecen dos variantes preocupantes del virus que causa el Covid-19. Pero las cepas aún no circulaban ampliamente en Angola, por lo que este invierno, los funcionarios de salud cerraron las escotillas. Antes de que se selle cualquier pasaporte, los viajeros reciben una prueba rápida de antígeno y esperan 30 minutos para obtener un resultado. Una prueba negativa significa auto cuarentena, seguida de otra prueba unos días después. Una prueba positiva significa una estadía de dos semanas en un hotel en cuarentena. Para los tres viajeros, fue la opción dos.

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Por Eve Sneider

Unas semanas más tarde, las muestras tomadas de sus narices llegaron a 2,000 millas al sur de Sudáfrica, en el laboratorio de Tulio de Oliveira, un genetista de la Universidad de KwaZulu-Natal. Le esperaba una sorpresa. El virus que había infectado a estos tres viajeros no se parecía a las cepas que circulaban en la mayoría de los otros lugares, incluidas las etiquetadas como "variantes de preocupación" por su capacidad para propagarse más rápido y evadir ciertos tipos de inmunidad. Si esas variantes son como hermanos, este era más como un primo segundo olvidado. Provenía de un linaje del virus que surgió en los primeros días de la pandemia, pero que había desaparecido poco después, aparentemente superado por otras variantes. Y, sin embargo, aquí estaba, un año después. Y había estado ocupado. Desde entonces, el virus había acumulado docenas de mutaciones, incluidas muchas de las mismas que hicieron que esas otras cepas fueran preocupantes debido al aumento de la transmisibilidad y la evasión inmunitaria. Había llegado a una conclusión genética similar por sí solo.

La nueva variante parecía haber salido de un vacío epidemiológico. Lo cual, en cierto modo, fue así, porque los viajeros habían llegado de un país donde la pandemia no existía oficialmente. En junio pasado, el presidente de Tanzania, John Magufuli, declaró al país libre de Covid, habiéndose librado del virus a través de tres días de oración nacional. Desde entonces, los informes de médicos y organizaciones sin fines de lucro dentro del país hablaban de una "epidemia oculta" que se propagaba tan ferozmente como en cualquier otro lugar. Pero los datos del gobierno se habían evaporado: no había pruebas ni números de casos ni secuencias del genoma. Con tan poca información, solo tres genomas, era difícil decir qué significaba esta nueva variante. ¿De dónde había venido y dónde estaban sus parientes más cercanos? ¿Se estaba extendiendo ampliamente o estos casos eran solo una casualidad? ¿Fueron sus mutaciones tan preocupantes en la práctica como en el papel? De Oliveira y sus colegas ahora se apresuran a responder a esas preguntas.

Este tipo de sorpresas son algo habituales en la línea de trabajo de De Oliveira. Desde que comenzó la pandemia, los laboratorios africanos han subido menos de 12.000 genomas a GISAID, la base de datos líder en secuencias virales, en comparación con 280.000 de América del Norte, un continente con menos de la mitad de la población. Aproximadamente la mitad de esos genomas africanos provienen de Sudáfrica, donde el laboratorio de De Oliveira es la pieza central de un esfuerzo nacional de secuenciación. Eso significa que hay muchas lagunas por explorar. “Es preocupante”, dice Emma Hodcroft, epidemióloga molecular de la Universidad de Berna. “Es un continente enorme y sabemos que se están produciendo brotes de Covid. Pero, aparte de Sudáfrica, no tenemos una buena idea de lo que está sucediendo en ningún otro lugar ".

En los últimos meses, De Oliveira ha estado trabajando para cambiar eso. A principios de diciembre, la investigación genómica del laboratorio en medio de un aumento de casos en Sudáfrica llevó a la identificación de una cepa ahora conocida como B.1.351. Esa variante ahora se está extendiendo a nivel mundial, provocando dolores de cabeza porque es más resistente a la protección de algunas vacunas. También fue una llamada de atención para los vecinos de Sudáfrica. Entonces, a principios de este año, el laboratorio de De Oliveira, en asociación con los Centros de África para el Control y la Prevención de Enfermedades, comenzó a recibir muestras semanales o quincenales de 10 países del sur de África, como parte de un esfuerzo por rastrear la variante recién descubierta y otras en todo el continente. Un segundo laboratorio, el Centro Africano de Excelencia en Genómica de Enfermedades Infecciosas de Nigeria, o ACEGIP, maneja la mitad norte del continente. La investigación de Angola, que fue codirigida por la ministra de salud del país, Silvia Lutucuta, apareció como una preimpresión el lunes y aún no ha sido revisada por pares.